Es el año 2015. La humanidad ha tenido hace tan sólo 15 años uno de sus peores eventos en la historia, el Segundo Impacto, que destruyó la Antártida, aumentando el nivel del mar por 80 metros. Oficialmente fue un asteroide de unos milímetros que chocó a una velocidad cercana a la de la luz. Realmente fue el primer "ángel" (aunque en japonés quiere decir "apóstol), Adam.
Shinji es un niño común y corriente... si no se cuenta que su madre murió con razones sospechosas y su padre le abandonó. Ha recibido una carta de su padre, la primera vez que se verán en casi 3 años. El muchacho llega al distrito 3 de Nuevo Tokio, o Tokio-3. La antigua ciudad fue destruida con una mina "N2" una semana después del segundo impacto, ya inundada... Y tan pronto llega... la ciudad está siendo atacada por otro ángel. El primero en 15 años. Y con ésto, inicia el primer episodio: El Ataque del Ángel.
